在入侵巴拿马战争中，美国虽然在军事上取得了胜利，但在政治上却陷入了被动。美国的侵略行径遭到了世界上许多爱好和平和主持正义的国家的强烈谴责。美国入侵巴拿马使全世界人民更清楚地认识到，美国虽然极力把自己装扮成主持正义和维护世界和平的世界警察，但实际上却在推行强权政治，肆意践踏联合国宪章和国际法，成为世界不稳定的主要因素。
1903年，在美国的支持下，巴拿马脱离哥伦比亚的统治，获得独立。同年，美、巴签订了修建巴拿马运河，以将太平洋和大西洋连接起来的不平等条约，美取得修建和经营运河的永久垄断权和运河区的永久使用、占领和控制权。1914年巴拿马运河建成，美国完全控制运河区，把运河西岸16.1公里范围划为运河区，设立美军南方司令部，不许巴拿马人入内，运河区成了“国中之国”，严重侵犯了巴主权和领土完整。此后，美国一直是运河的主要用户和受益者，每年运河总收入约3亿多美元，绝大部分为美国所得，巴拿马只能得到很少的零头。
为收复巴拿马运河的主权，巴拿马人民长期不断斗争。经过努力，两国终于在1977年签订了新的运河条约，新条约规定:1999年12月31日午时之后，运河完全交由巴拿马管理；从1990年起，运河区管理委员会的主任由巴拿马人担任，美国的南方司令部必须同时撤离运河区。条约已经签订，但是失掉巴拿马运河的管理权势必会给美国带来严重的政治、经济和战略后果，因此美国便千方百计地保留它在运河和运河区的利益。
为了保持在巴拿马运河区的利益，美国企图扶植一个听命于美国的巴拿马政权，去取代坚决主张收回运河主权的以诺列加为首的巴拿马政权。为迫使诺列加下台，美国政府使用了种种手段，对巴拿马采取经济制裁、外交诱逼、军事威胁，支持巴拿马国内反对派掀起“倒诺浪潮”。1989年10月3日巴拿马部分中下级军官发动军事政变失败后，美国总统乔布什批准一项300万美元的拨款，专供中央情报局策动第二次军事政变。与此同时，美国秘密向巴拿马增兵4500人，空运了大量坦克、装甲车、武装直升机。
1989年12月16日晚9时，4名美国军官乘车经过巴拿马国防军司令部所在的大街时，与巴拿马国防军的士兵发生冲突，双方拔枪射击，美海军陆战队的一名军官被打死。美国随即以此为借口入侵巴拿马，战争爆发。
1989年12月20日凌晨1时，美F-17隐形轰炸机从内华达州托诺帕基地起飞侵入巴领空，轰炸里奥阿托巴军高炮阵地。与此同时，美海军“海豹“小队一部袭击诺列加私人机场，炸毁其座机；另一部袭击诺列加专用船只卫兵并炸沉该船，切断诺列加从空中和海上转移的退路。
接着，美军5支特遣队同时向巴军27个重要目标发动进攻。“红色特遣队”兵分两路，以空降和地面攻击占领巴拿马城附近托里霍斯国际机场，控制帕科拉河大桥；“尖刀特遣队”在炮火、坦克和直升机掩护下，攻占并烧毁巴国防军司令部大楼；“太平洋特遣队”乘20架C-141运输机分两批机降托里霍斯机场，支援“红色特遣队”扼守帕科拉河大桥，以阻止驻西马隆堡基地的巴军驰援巴拿马城；“永远忠实特遣队”抢占巴拿马运河上的泛美公路大桥，守卫运河区内的霍华德空军基地；“大西洋特遣队”攻打巴拿马第二大城市科隆，占领麦登大坝、供电中心、水电站等重要运河设施。
战斗打响后，巴拿马政府通过电台呼吁全国军民拿起枪，坚决抵抗美军。但是，仅8个小时，美军便击溃巴军的抵抗。15个小时后，美军推毁巴军主要军事设施，控制巴军大部分兵营，并推翻了诺列加政府，反对党总统候选人恩达拉，在美国监护下就任巴拿马总统。诺列加躲进梵蒂冈大使馆避难。
1月3日，在美、巴、梵三方的种种压力下，诺列加被迫作出了“自愿投降”的选择。晚8点48分，诺列加被带上“黑鹰”直升机。1990年2月，美国撤走了大部入侵巴拿马美军。